Czy hormonalna terapia zastępcza jest czymś dobrym i czy rzeczywiście pomaga, czy jedynie szkodzi zdrowiu kobiety, a nawet zagraża? W 2002 roku wstrzymano badania nad HTZ z powodu znaczącego wzrostu ryzyka zachorowania na inwazyjną formę raka sutka oraz zwiększonego zagrożenia wystąpienia zawału serca, udaru mózgu i zakrzepicy żylnej. Ryzyko było tak poważne, że rozesłano listy do 16 000 uczestniczek terapii, aby odstawiły natychmiast lekarstwa.
Długo także uważano, że hormonalna terapia zastępcza chroni kobiety przed rakiem macicy. Jednak szwedzkie badania dowiodły, że stosując pewne formy HTZ zwiększa się ryzyko raka macicy.