Obserwacje kliniczne wskazują na to, że przyjmowanie estrogenów tuż po menopauzie zmniejsza ryzyko wystąpienia choroby wieńcowej. Równocześnie, w ciągu ostatnich dwóch lat wykazano też, że stosowanie HTZ drogą doustną niesie za sobą nieznaczny wzrost ryzyka powikłań sercowo-naczyniowych.
W jednym z tych badań okazało się, że po zastosowaniu HTZ (skoniugowane estrogeny końskie wraz z octanem medroksyprogesteronu) u kobiet po przebytym zawale serca obserwowano zwiększoną śmiertelność w pierwszym roku ich stosowania. Korzystne efekty obserwowano dopiero w trzecim i czwartym roku.
Badanie to dowiodło, iż u kobiet z zaawansowaną miażdżycą, HTZ nie jest w stanie zahamować lub odwrócić zaawansowanego procesu chorobowego.
Drugie badanie przeprowadzono na kobietach zdrowych w wieku od 50 do 79 roku życia (badanie WHI). Badanie jednak musiało zostać przerwane po 5.2 roku z powodu wzrostu ryzyka zachorowania na raka sutka oraz powikłań zatorowo-zakrzepowych (chorobę niedokrwienną serca, udar, zator płucny) w grupie kobiet otrzymujących skoniugowane estrogeny końskie wraz z octanem medroksyprogesteronu drogą doustną.
Niektórzy przypisują to niezindywidualizowanemu leczeniu kobiet, gdzie stosowano u wszystkich taką sam ilość hormonów, niezależnie od wieku, wagi i zdrowia.